Qualifizieren können sich alle UEFA-Mitgliedsverbände. Zunächst spielen die Mannschaften in einer Gruppenphase gegeneinander. Die Gruppensieger und eine bestimmte Anzahl an Gruppenzweiten erreichen die Play-offs, die in Hin- und Rückspielen ausgetragen werden und die sieben Mannschaften hervorbringen, die sich neben dem Turnier-Gastgeber für die Endrunde qualifizieren.

Die Endrunde umfasst zwei Gruppen zu je vier Teams. Die Ersten und Zweiten beider Gruppen qualifizieren sich für das Halbfinale. Von da an wird die Endrunde im K.-o.-Format gespielt. Die Endrunden, die in einem Jahr vor den Olympischen Sommerspielen ausgetragen werden (zum Beispiel 2011, 2015), dienen auch als Qualifikationsturnier für den entsprechenden olympischen Fußball-Wettbewerb.

Reglement
Das Reglement für die UEFA-U21-Europameistrschaft wird zunächst von der UEFA-Verwaltung erstellt, ehe es der UEFA-Kommission für Nationalmannschaftswettbewerbe vorgelegt werden. Nachdem diese Kommission die Regularien bestätigt hat, werden sie vom UEFA-Exekutivkomitee ratifiziert.

Spielberechtigt bei der UEFA-U21-Europameisterschaft 2013 sind alle Spieler, die am oder nach dem 1. Januar 1990 geboren wurden.