Die Entwicklung des Fußballs in San Marino begann in den späten 1920er Jahren. Der erste Klub, SP Libertas, wurde im September 1928 gegründet, und drei Jahre später entstand der Fußballverband von San Marino (FSGC). Danach brauchte es noch einige Zeit, um einen offiziellen Wettbewerb zu organisieren. Schließlich taten sich im Sommer 1937 vier Mannschaften zusammen - Libertas, La Castellana, SP La Fiorita und US Titania (mittlerweile SP Tre Penne) - und spielten im Ligaformat ein erstes inoffizielles Turnier namens Coppa Titano aus.

Alle Spiele wurden im Borgo Maggiore, in dieser Zeit das einzige Stadion des Landes, ausgetragen. Der erste Sieger war Libertas. In den nächsten fünf Jahren bestätigte das Team seine Vormachtstellung und holte jeweils den Titel. Danach gab es wegen des Zweiten Weltkriegs eine Unterbrechung bis zum Jahr 1961.

1960 gründete der FSGC einen Klub namens S.S. Serenissima und hatte die Absicht, mit diesem in einer italienischen Liga mitzuspielen. Erster Präsident war Carlo Casali, und der Verein spielte zunächst in der zweiten italienischen Amateurliga, bis man 1962 zum ersten Mal aufstieg. Serenissima spielte zwei Jahre in der halbprofessionellen Serie D, ehe man 1973 mit einem anderen Klub fusionierte und den Namen in AC San Marino änderte. 1988, die Mannschaft spielte mittlerweile in der Serie C2, erhielt man den Namen San Marino Calcio.

1963 gründete der Verband mit dem NAGC - dem Nucleo Addestramento Giovani Calciatori - die erste offizielle Jugendakademie der Republik, die von Guglielmo Giovannini geführt wurde. Dieser war ein Fußballverrückter und genoss national hohes Ansehen. Wegen der immer größer werdenden Anzahl an Klubs wurde die Coppa Titano immer wieder erweitert; der letzte neue Verein war 1979 SP Cosmos.

1980 entwickelte der FSGC erste Ideen für eine offizielle nationale Liga. Dieser Schritt war unbedingt erforderlich, um von den internationalen Verbänden anerkannt zu werden. Im Oktober 1985 startete in der Tat die erste Meisterschaft von San Marino. Im gleichen Jahr wurde zudem der Trofeo Federale, ein Wettbewerb in der Art des Superpokals, in dem der Meister auf den Sieger der Coppa Titano trifft, eingeführt.

1988 wurden die Bemühungen des Verbands belohnt, man wurde Mitglied der UEFA. Nach zwei Jahren Probezeit wurde die Organisation am 24. Januar beim Kongress in Monaco feierlich in die UEFA aufgenommen. Sechs Monate später wurde der FSGC beim Kongress in Zürich auch in die FIFA aufgenommen.

San Marino konnte von nun an Teams an Wettbewerben für A-Nationalteams, U21-, U18- und U16-Mannschaften teilnehmen lassen. Das erste Länderspiel des Landes war eine U21-Partie gegen die Schweiz am 6. Juni 1989 in Serravalle. Die Schweiz war auch der erste Gegner der A-Nationalelf, die Begegnung am 14. November 1990 im gleichen Stadion endete mit 4:0 für die Gäste. Das erste positive Ergebnis war ein torloses Remis gegen die Türkei am 10. März 1993, danach gab es am 25. April 2001 ein 1:1-Unentschieden gegen Lettland in Riga.

Weitere Meilensteine folgten im neuen Jahrtausend in den europäischen Vereinswettbewerben. San Marino schickte in der Saison 2000/01 mit S.S. Folgore seinen ersten Vertreter ins Rennen, in der Qualifikation zum UEFA-Pokal. 2007 bekam das Land einen zweiten Platz im Europapokal, in der Qualifikation zur UEFA Champions League. S.S. Murata nahm als erstes Team aus San Marino daran teil.

Im Oktober 2000 empfing der FSGC eine Delegation der FIFA, im Oktober 2005 hatte man die UEFA zu Besuch. 2008 kam sogar UEFA-Präsident Michel Platini, als er den neuen Stammsitz des Verbands, Casa del Calcio, eröffnete.

Von 2004 bis 2009 unternahm der FSGC große Anstrengungen in Sachen sportliche Infrastruktur, es wurden Kunstrasenplätze der dritten und vierten Generation eröffnet. Das deutlichste Zeichen des Fortschritts war die Verlegung eines neuen Rasens im Stadion von Serravalle - dem ersten der Welt, dessen Oberfläche aus einer Mischung von Kunstrasen und Gras besteht.