Bevor der UEFA-Futsal-Pokal eingeführt wurde, gab es neun inoffizielle Europapokale, wobei die Sieger damals immer die Gastgeber waren und aus Spanien, Russland oder Italien kamen. MFK Dina Moskva konnte den Titel dreimal holen.

In der Saison 2001/02 wurde dann erstmals der UEFA-Futsal-Pokal ausgespielt, seit dem entwickelt sich das Ereignis rapide. Im Februar 2002 wurde die Endrunde des ersten Turniers in Lissabon ausgespielt. Die Spanier von Playas de Castellón FS holten sich den Titel mit einem Finalsieg über Action 21 Charleroi.

2002/03 wurde der Sieger im April 2003 in Hin- und Rückspiel zwischen Castellón und Charleroi ausgespielt. Wieder behielten die Spanier die Oberhand.

In der Saison 2003/04 nahmen 33 Mannschaften aus 32 Ländern teil, doch wieder sollten Spanier jubeln dürfen. Dieses Mal war es allerdings Boomerang Interviú, das sich den Pokal mit einem 7:5-Sieg nach Hin- und Rückspiel gegen SL Benfica sichern konnte.

Erst 2004/05 endete die spanische Dominanz. Nach den Enttäuschungen von 2002 und 2003 durfte endlich Charleroi jubeln. Nach einem 4:3-Hinspielsieg in Belgien über MFK Dinamo Moskva ging es im Rückspiel in Moskau in die Verlängerung wo ein 6:6-Unentschieden zum 10:9-Sieg nach Hin- und Rückspiel zum Triumph reichen sollte.

In der Saison 2005/06 nahmen 34 Mannschaften teil, aber das Format war neu. Die beiden Zweiten der zweiten Qualifikationsrunde sollten nun im Wettbewerb bleiben und gegen die beiden jeweiligen Gruppensieger im Halbfinale spielen. Und die beiden Gruppenersten schafften es ins Finale: Boomerang und Dinamo. Dafür mussten der FC Shakhtar Donetsk beziehungsweise Kairat Almaty dran glauben. Am Ende triumphierten wieder die Spanier. Nach einem 6:3-Erfolg im Hinspiel konnten sie es sich leisten, in Moskau mit 3:4 zu verlieren.

In der Saison 2006/07 nahmen erstmals 40 Vereine am UEFA-Futsal-Pokal teil. Dafür wurde in einer Vorausscheidungsrunde und einer Hauptrunde gespielt, ehe es 16 Mannschaften in die Elite-Runde schafften, wo sich Boomerang, Dinamo, Charleroi und El Pozo Murcia FS durchsetzen konnten. Das Quartett sollte die Endrunde dann in Murcia ausspielen, also ohne Hin- und Rückspiel. Die Hausherren verloren das Halbfinale aber gegen die Landsmänner von Boomerang, zwei Tage später schlug Dinamo die Madrilenen im Endspiel mit 2:1 und holte den lang ersehnten Titel nach Russland. Murcia holte sich gegen Charleroi noch die Bronzemedaille.

2007/08 nahmen 44 Mannschaften am Wettbewerb teil. Erstmals fehlte allerdings Charleroi, das die belgische Meisterschaft verpasst hatte. Das Format wurde nicht geändert und die vier gesetzten Mannschaften Dinamo, Murcia, Kairat und der russische Debütant MFK Viz-Sinara Ekaterinburg kamen in den Endrunde, wobei der Titelverteidiger auch Gastgeber war. Moskau holte allerdings nur Bronze, nachdem das Halbfinale gegen Murcia im Elfmeterschießen verloren wurde. Zumindest gewannen sie aber das Spiel um Platz 3 mit 5:0 gegen Kairat, das zuvor 1:4 gegen Ekaterinburg verloren hatte. Letztere, übrigens Zweiter in Russland und bis heute noch nie russischer Meister, holten den Europapokal nach einem 4:4 im Endspiel gegen Murcia im Elfmeterschießen (3:2).

In der Saison 2008/2009 nahmen erneut 44 Teams teil, und einmal mehr erreichten die Top 4 der Setzliste das Finalturnier. Ekaterinburg (Gastgeber), Dinamo, Interviú (inzwischen Interviú Madrid) und Kairat. Interviú ließ Kairat beim 5:0 im Halbfinale keine Chance, Ekaterinburg begeisterte die Zuschauer mit einem knappen 2:0-Sieg gegen Dinamo, das das Spiel um Platz 3 gegen Kairat mit 0:1 verlor. Eine weitere russische Niederlage gab es im Finale, denn Interviús 5:1-Sieg sicherte den Spaniern zum dritten Mal den Titelgewinn.

2009/10 gab es neue Gesichter bei der Endrunde, für die sich neben Gastgeber Benfica aus Luparense C/5 aus Italien, Araz Naxçivan aus Aserbaidschan und Interviú qualifizierten. Im Endspiel standen sich Benfica und Interviú gegenüber, und zur Freude der 9 400 Zuschauer im Pavilhão Atlântico konnten die Hausherren die Partie mit 3:2 nach Verlängerung gewinnen.

Benfica und Stadtrivale Sporting Clube de Portugal standen 2010/11 in der Endrunde, in der sich erstaunlicherweise kein Team aus Spanien oder Russland wiederfand. Ekaterinburg und Araz schieden beide in der Eliterunde gegen den italienischen Debütanten ASD Città di Montesilvano C/5 aus, der wiederum durch ein 5:2 gegen Sporting erstmals den Titel nach Italien holte. Zuvor hatte sich das Endspielduo im Halbfinale überraschend gegen Titelverteidiger Benfica und Gastgeber Kairat Almaty durchgesetzt.

In der Saison 2011/12 kehrte die Trophäe nach Spanien zurück, weil der FC Barcelona gleich in seiner Debütsaison triumphieren konnte - und dies vor heimischen Publikum in Lleida. Gegen Sporting Clube de Portugal gab es einen 5:1-Erfolg im Halbfinale, anschließend setzte man sich auch gegen Dinamo mit 3:1 durch. Ein weiterer Endrunden-Debütant, Marca Futsal aus Italien, drang bis ins Halbfinale vor und holte am Ende Bronze.

Iberia Star Tbilsi, das einzige Team, welches immer am Wettbewerb teilgenommen hat, schaffte es 2012/13 erstmals in die Endrunde und war gleichzeitig Gastgeber. Der großen Wurf aber gelang Kairat Almaty und bescherte Kasachstan dank eines 4:3-Erfolgs im Endspiel gegen MFK Dinamo den ersten großen Titel in einem UEFA-Wettbewerb. Bronze ging an den FC Barcelona, für Iberia Star blieb nur der vierte Rang.